超过两年的民事调解书一般不能撤销。民事调解书在两年后，已经发生法律效力，当事人只能通过申请再审的方式来请求撤销。但是再审的申请时效期间一般是六个月，自裁判文书生效之日起计算，因此该时效也已经经过。
《中华人民共和国民事诉讼法》第二百条
当事人的申请符合下列情形之一的，人民法院应当再审：
（一）有新的证据，足以推翻原判决、裁定的；
（二）原判决、裁定认定的基本事实缺乏证据证明的；
（三）原判决、裁定认定事实的主要证据是伪造的；
（十二）据以作出原判决、裁定的法律文书被撤销或者变更的；
《中华人民共和国民事诉讼法》第二百零五条
当事人申请再审，应当在判决、裁定发生法律效力后六个月内提出；有本法第二百条第一项、第三项、第十二项、第十三项规定情形的，自知道或者应当知道之日起六个月内提出。
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