对公司进行行政处罚的期限，一般是两年内。如果行政机关在两年内未发现公司的违法行为，则不能对其进行行政处罚；如果公司的违法行为涉及金融安全且有危害后果的，则五年内未发现该违法行为的，就不能进行行政处罚。
《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条
违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年。法律另有规定的除外。
《中华人民共和国行政处罚法》第五十一条
违法事实确凿并有法定依据，对公民处以二百元以下、对法人或者其他组织处以三千元以下罚款或者警告的行政处罚的，可以当场作出行政处罚决定。法律另有规定的，从其规定。
《中华人民共和国行政处罚法》第六十条
行政机关应当自行政处罚案件立案之日起九十日内作出行政处罚决定。法律、法规、规章另有规定的，从其规定。
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