拆迁的指挥部不能作为诉讼的主体。诉讼的主体是行政机关和行政相对人，即认为行政机关侵权的公民、法人或者其他组织。而拆迁的指挥部是当地政府组织的临时机构，不属于行政单位，也不是企事业单位。
《中华人民共和国行政诉讼法》第十二条
人民法院受理公民、法人或者其他组织提起的下列诉讼：
（一）对行政拘留、暂扣或者吊销许可证和执照、责令停产停业、没收违法所得、没收非法财物、罚款、警告等行政处罚不服的；
（二）对限制人身自由或者对财产的查封、扣押、冻结等行政强制措施和行政强制执行不服的；
（十二）认为行政机关侵犯其他人身权、财产权等合法权益的。
《中华人民共和国行政诉讼法》第四十六条
公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。法律另有规定的除外。
因不动产提起诉讼的案件自行政行为作出之日起超过二十年，其他案件自行政行为作出之日起超过五年提起诉讼的，人民法院不予受理。
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