被告依判决重做行政行为的限制是被告不得以同一的事实和理由作出与原行政行为基本相同的行政行为。法律规定，行政相对人或行政相关人向法院提起诉讼后，判决行政机关重新作出行政行为的，行政机关是不能完全以同一事实和理由作出与原行政行为基本相同的行为的。
《中华人民共和国行政诉讼法》第七十条
行政行为有下列情形之一的，人民法院判决撤销或者部分撤销，并可以判决被告重新作出行政行为：
（一）主要证据不足的；
（二）适用法律、法规错误的；
（三）违反法定程序的；
（四）超越职权的；
（五）滥用职权的；
（六）明显不当的。
《中华人民共和国行政诉讼法》第七十一条
人民法院判决被告重新作出行政行为的，被告不得以同一的事实和理由作出与原行政行为基本相同的行政行为。
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