对环境违法行为进行包庇的，应该这样处罚：地方各级人民政府、县级以上人民政府环境保护主管部门和其他负有环境保护监督管理职责的部门对环境违法行为进行包庇的，应对直接负责的主管人员和其他直接责任人员给予记过、记大过或者降级处分；造成严重后果的，给予撤职或者开除处分，其主要负责人应当引咎辞职。
《环境保护法》第六十八条
地方各级人民政府、县级以上人民政府环境保护主管部门和其他负有环境保护监督管理职责的部门有下列行为之一的，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员给予记过、记大过或者降级处分；造成严重后果的，给予撤职或者开除处分，其主要负责人应当引咎辞职：
（一）不符合行政许可条件准予行政许可的；
（二）对环境违法行为进行包庇的；
（三）依法应当作出责令停业、关闭的决定而未作出的。
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