发生医疗事故按照以下规定处罚医院：
1、由卫生行政部门根据医疗事故等级和情节，对医疗机构给予警告；
2、情节严重的，责令限期停业整顿直至由原发证部门吊销执业许可证。
《医疗事故处理条例》第五十五条
医疗机构发生医疗事故的，由卫生行政部门根据医疗事故等级和情节，给予警告；情节严重的，责令限期停业整顿直至由原发证部门吊销执业许可证，对负有责任的医务人员依照刑法关于医疗事故罪的规定，依法追究刑事责任；尚不够刑事处罚的，依法给予行政处分或者纪律处分。
对发生医疗事故的有关医务人员，除依照前款处罚外，卫生行政部门并可以责令暂停6个月以上1年以下执业活动；情节严重的，吊销其执业证书。
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