二级医疗事故赔偿标准是：医疗机构应当赔偿患者因人身受损进行治疗所发生的医疗费用。造成患者中度残疾、器官组织损伤导致严重功能障碍的，认定为二级医疗事故。因此，还应当赔偿辅助器具费和残疾赔偿金。
《医疗事故处理条例》第四十九条
医疗事故赔偿，应当考虑下列因素，确定具体赔偿数额：
（一）医疗事故等级；
（二）医疗过失行为在医疗事故损害后果中的责任程度；
（三）医疗事故损害后果与患者原有疾病状况之间的关系。
不属于医疗事故的，医疗机构不承担赔偿责任。
第五十条第一款
医疗事故赔偿，按照下列项目和标准计算：
（一）医疗费：按照医疗事故对患者造成的人身损害进行治疗所发生的医疗费用计算，凭据支付，但不包括原发病医疗费用。结案后确实需要继续治疗的，按照基本医疗费用支付。
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