新生儿出生肢体畸形，医疗机构存在过错，构成医疗事故的，医疗机构要承担民事赔偿的法律责任，具体包括医疗费、护理费、交通费、营养费、住院伙食补助费等费用的赔偿。
《医疗事故处理条例》第二条
本条例所称医疗事故，是指医疗机构及其医务人员在医疗活动中，违反医疗卫生管理法律、行政法规、部门规章和诊疗护理规范、常规，过失造成患者人身损害的事故。
《中华人民共和国民法典》第一千二百一十八条
患者在诊疗活动中受到损害，医疗机构或者其医务人员有过错的，由医疗机构承担赔偿责任。
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