自行车闯红灯不会留案底。只有当事人行为触犯了国家的法律、法规，并且公安机关根椐你的违法行为及其性质实施了法律规定的相应刑事处罚，结案后的案件卷宗才会将永久性的保存在公安机关的档案部门。而行政违法的处罚，一般而言不会留案底。
《道路交通安全法》第二十六条
交通信号灯由红灯、绿灯、黄灯组成。红灯表示禁止通行，绿灯表示准许通行，黄灯表示警示。
第三十八条
车辆、行人应当按照交通信号通行；遇有交通警察现场指挥时，应当按照交通警察的指挥通行；在没有交通信号的道路上，应当在确保安全、畅通的原则下通行。
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