个人独资医院也是要交税的。个人独资医院属于营利性医疗机构，虽然国家会给予很多的优惠，比如说免征营业税等，但是个人独资医院还是需要上缴工商管理税等税款。
《《中华人民共和国税收征收管理法》》第二十八条
税务机关依照法律、行政法规的规定征收税款，不得违反法律、行政法规的规定开征、停征、多征、少征、提前征收、延缓征收或者摊派税款。
农业税应纳税额按照法律、行政法规的规定核定。
《《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》》第三条
任何部门、单位和个人作出的与税收法律、行政法规相抵触的决定一律无效，税务机关不得执行，并应当向上级税务机关报告。
纳税人应当依照税收法律、行政法规的规定履行纳税义务；其签订的合同、协议等与税收法律、行政法规相抵触的，一律无效。
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