摩托车合格证丢了可以补办，机动车所有人应当持行驶证向机动车登记地或者检验合格标志核发地车辆管理所申请补领，车辆管理所应当自受理之日起一日内补发。
《机动车登记规定》第五十一条
机动车检验合格标志灭失、丢失或者损毁的，机动车所有人应当持行驶证向机动车登记地或者检验合格标志核发地车辆管理所申请补领或者换领。车辆管理所应当自受理之日起一日内补发或者换发。
《机动车登记规定》第五十五条
机动车所有人或者代理人申请机动车登记和业务，应当如实向车辆管理所提交规定的材料和反映真实情况，并对其申请材料实质内容的真实性负责。
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