员工卷款逃跑的法定立案标准是：如果是侵占的性质，数额达到5000的可以立案。如果是盗窃的性质，卷款数额达到1000元的，就涉嫌盗窃罪，应予立案。
《最高人民法院、最高人民检察院关于办理盗窃刑事案件适用法律若干问题的解释》第一条盗窃公私财物价值一千元至三千元以上、三万元至十万元以上、三十万元至五十万元以上的，应当分别认定为刑法第二百六十四条规定的数额较大”、数额巨大”、数额特别巨大”。
各省、自治区、直辖市高级人民法院、人民检察院可以根据本地区经济发展状况，并考虑社会治安状况，在前款规定的数额幅度内，确定本地区执行的具体数额标准，报最高人民法院、最高人民检察院批准。
一般情况三千元以上就可以立案，但根据具体地区不同，会有所差别。法律依据：《最高人民法院、最高人民检察院关于办理诈骗刑事案件具体应用法律若干问题的解释》第一条 诈骗公私财物价值三千元至一万元以上、三万元至十万元以上、五十万元以上的，应当分别认定为刑法第二百六十六条规定的“数额较大”、“数额巨大”、“数额特别巨大”。各省、自治区、直辖市高级人民法院、人民检察院可以结合本地区经济社会发展状况，在前款规定的数额幅度内，共同研究确定本地区执行的具体数额标准，报最高人民法院、最高人民检察院备案。第二条 诈骗公私财物达到本解释第一条规定的数额标准，具有下列情形之一的，可以依照刑法第二百六十六条的规定酌情从严惩处：(一)通过发送短信、拨打电话或者利用互联网、广播电视、报刊杂志等发布虚假信息，对不特定多数人实施诈骗的；(二)诈骗救灾、抢险、防汛、优抚、扶贫、移民、救济、医疗款物的；(三)以赈灾募捐名义实施诈骗的；(四)诈骗残疾人、老年人或者丧失劳动能力人的财物的；(五)造成被害人自杀、精神失常或者其他严重后果的。诈骗数额接近本解释第一条规定的“数额巨大”、“数额特别巨大”的标准，并具有前款规定的情形之一或者属于诈骗集团首要分子的，应当分别认定为刑法第二百六十六条规定的“其他严重情节”、“其他特别严重情节”。
如果是国家工作人员卷款携逃的，构成贪污罪，其立案标准为：
1、贪污数额在一万元以上不满三万元，具有下列情形之一的，（1）贪污救灾、抢险、防汛、优抚、扶贫、移民、救济、防疫、社会捐助等特定款物的；
（2）曾因贪污、受贿、挪用公款受过党纪、行政处分的。
2、贪污数额三万元以上的。
《刑法》第三百八十四条国家工作人员利用职务上的便利，挪用公款归个人使用，进行非法活动的，或者挪用公款数额较大、进行营利活动的，或者挪用公款数额较大、超过三个月未还的，是挪用公款罪，处五年以下有期徒刑或者拘役；情节严重的，处五年以上有期徒刑。挪用公款数额巨大不退还的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑。挪用用于救灾、抢险、防汛、优抚、扶贫、移民、救济款物归个人使用的，从重处罚。
如果是国家工作人员卷款逃跑，可能涉嫌贪污罪，如果是一般公司工作人员，可能涉嫌职务侵占罪。
法律依据：
《中华人民共和国刑法》第三百八十二条国家工作人员利用职务上的便利，侵吞、窃取、骗取或者以其他手段非法占有公共财物的，是贪污罪。受国家机关、国有公司、企业、事业单位、人民团体委托管理、经营国有财产的人员，利用职务上的便利，侵吞、窃取、骗取或者以其他手段非法占有国有财物的，以贪污论。
这要看是什么形式的卷款。
相关的形式：
1、如果是共同经营生意，无论卷款多少均不能立刑事案件查处，应到法院诉讼解决。
2、如果是侵占，则达到五千元者，可以立刑事案件。
3、如果是盗窃，则达到1000元到3000元可以刑事案件。
关于立案：
是指公安、司法机关及其它行政执法机关对于报案、控告、举报、自首以及自诉人起诉等材料，按照各自的管辖范围进行审查后，认为有犯罪事实发生并需要追究刑事责任时，决定将其作为刑事案件进行侦查或者审判的一种诉讼活动。
立案必须具备两个条件：
1、有犯罪事实存在。
2、该犯罪事实依法需追究刑事责任。如果有犯罪事实，但法律规定不应当追究刑事责任的，不能立案。
凡具有下列情形之一的，不追究刑事责任，不能立案；已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者宣告无罪：
1、情节显著轻微、危害不大的，不认为是犯罪的。
2、犯罪已过 追诉时效期限的。
3、经特赦令免除刑罚的。
4、依刑法告诉乃论的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的。
5、被告人已经死亡的。
6、其他法律、法规规定免予追究刑事责任的。
员工卷款逃跑应向公安部门进行报案。
如果遇到这样的情况，最好的方法是在发现这件事情的时候立马报警，要不然会措施最佳机会。而且你的公司应该有该员工的档案，留有他的身份证复印件，所以可以到他家里面去寻找，或者通过他的家人朋友知道他最右可能去的地方。或者把这些信息材料以及相关证据提交给公安部门，协助公安部门及早破案，你的钱也可以及早追回。一定要及时报案，不要错失最佳时机，只有把握住时机，才能及早追回。一定不要犹豫，一定要向公安部门报案并协助调查，
法律依据
《中华人民共和国刑法》第二百六十四条 【盗窃罪】盗窃公私财物，数额较大的，或者多次盗窃、入户盗窃、携带凶器盗窃、扒窃的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金数额巨大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产。
如果是共同经营生意，无论卷款多少均不能立刑事案件查处，应到法院诉讼解决。
关于立案：
是指公安、司法机关及其它行政执法机关对于报案、控告、举报、自首以及自诉人起诉等材料，按照各自的管辖范围进行审查后，认为有犯罪事实发生并需要追究刑事责任时，决定将其作为刑事案件进行侦查或者审判的一种诉讼活动。
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