犯罪嫌疑人被超期羁押的处理办法是：由国家对其进行赔偿，每日赔偿金按照国家上年度职工日平均工资计算。能够返还财产或恢复原状的，予以返还财产或者恢复原状。最高额为国家上年度职工年平均工资的五倍，造成部分或者全部丧失劳动能力的，应当支付生活费。
《刑事诉讼法》第六十六条
人民法院、人民检察院和公安机关根据案件情况，对犯罪嫌疑人、被告人可以拘传、取保候审或者监视居住。
第九十六条
人民法院、人民检察院和公安机关如果发现对犯罪嫌疑人、被告人采取强制措施不当的，应当及时撤销或者变更。公安机关释放被逮捕的人或者变更逮捕措施的，应当通知原批准的人民检察院。
超期羁押 的当事人可以申请解除 羁押 措施，也可以申请 国家赔偿 。 《 刑事诉讼法 》第99条规定，人民法院、人民检察院或者公安机关对被采取强制措施法定期限届满的 犯罪嫌疑人 、被告人，应当予以释放、解除 取保候审 、 监视居住 或者依法 变更强制措施 。 犯罪嫌疑人、被告人及其法定 代理 人、近亲属或者 辩护人 对于人民法院、人民检察院或者公安机关采取强制措施法定期限届满的，有权要求解除强制措施。
如果司法机关在羁押期限届满后仍不放人的， 犯罪嫌疑人 、被告人及其 法定代理人 、近亲属或者犯罪嫌疑人、被告人委托的律师及其他辩护人对于人民法院、人民检察院或者公安机关 采取强制措施 超过法定期限的，有权要求解除强制措施。司法机关对被采取强制措施超过法定期限的如何处理，法律规定了三种办法：
一是对于犯罪嫌疑人、被告人在押的应当予以释放二是对于取保候审超过十二个月或者监视居住超过六个月的，应当 解除取保候审 、监视居住三是 变更强制措施 ，如对被羁押犯罪嫌疑人、被告人解除羁押，改为采取取保候审。如果到了法定期限不能办结，对于在押的犯罪嫌疑人、被告人原则上应当释放。对于还需要继续侦查、审查决定是否提起公诉或者继续审理的案件的犯罪嫌疑人、被告人，可以采取取保候审、监视居住。综合上面所说的，法院在审理案件的时候都是有时间限制的，对于在证据比较齐全的情况下，一般在二三个月之间就要审理完成，但如果法院在接到案件要改变管辖区域的那么所需要的时间就会延长，所以，在处理的时候就会结合实际情况来进行办理。
刑事案件严重超期羁押应当予以释放、解除取保候审、监视居住或者依法变更强制措施。犯罪嫌疑人、被告人被羁押的案件，不能在侦查羁押内办结的，对犯罪嫌疑人、被告人应当予以释放；需要继续查证、审理的，对犯罪嫌疑人、被告人可以取保候审或者监视居住。
法律依据：
《刑事诉讼法》第九十九条人民法院、人民检察院或者公安机关对被采取强制措施法定期限届满的犯罪嫌疑人、被告人，应当予以释放、解除取保候审、监视居住或者依法变更强制措施。犯罪嫌疑人、被告人及其法定代理人、近亲属或者辩护人对于人民法院、人民检察院或者公安机关采取强制措施法定期限届满的，有权要求解除强制措施。
逮捕后超期羁押的， 犯罪嫌疑人 、被告人及其 法定代理人 、近亲属或者辩护人有权向司法机关要求解除强制措施。《 刑事诉讼法 》第九十九条规定，人民法院、人民检察院或者公安机关对被 采取强制措施 法定期限届满的犯罪嫌疑人、被告人，应当予以释放、 解除取保候审 、监视居住或者依法 变更强制措施 。犯罪嫌疑人、被告人及其法定代理人、近亲属或者辩护人对于人民法院、人民检察院或者公安机关采取强制措施法定期限届满的，有权要求解除强制措施。《刑事诉讼法》第九十九条人民法院、人民检察院或者公安机关对被采取强制措施法定期限届满的犯罪嫌疑人、被告人，应当予以释放、解除取保候审、监视居住或者依法变更强制措施。犯罪嫌疑人、被告人及其法定代理人、近亲属或者辩护人对于人民法院、人民检察院或者公安机关采取强制措施法定期限届满的，有权要求解除强制措施。
如果司法机关在羁押期限届满后仍不放人的，犯罪嫌疑人、被告人及其法定代理人、近亲属或者犯罪嫌疑人、被告人委托的律师及其他辩护人对于人民法院、人民检察院或者公安机关采取强制措施超过法定期限的，有权要求解除强制措施。
根据《刑事诉讼法》第九十九条 人民法院、人民检察院或者公安机关对被采取强制措施法定期限届满的犯罪嫌疑人、被告人，应当予以释放、解除取保候审、监视居住或者依法变更强制措施。犯罪嫌疑人、被告人及其法定代理人、近亲属或者辩护人对于人民法院、人民检察院或者公安机关采取强制措施法定期限届满的，有权要求解除强制措施。
犯罪嫌疑人、被告人及其法定代理人、近亲属或者犯罪嫌疑人、被告人委托的律师及其他辩护人对于人民法院、人民检察院或者公安机关采取强制措施超过法定期限的，有权要求解除强制措施。人民法院、人民检察院或者公安机关对于被采取强制措施超过法定期限的犯罪嫌疑人、被告人应当予以释放、解除取保候审、监视居住或者依法变更强制措施。 司法机关对被采取强制措施超过法定期限的如何处理，法律规定了三种办法： 1、对于犯罪嫌疑人、被告人在押的应当予以释放 2、对于取保候审超过十二个月或者监视居住超过六个月的，应当解除取保候审、监视居住 3、变更强制措施，如对被羁押犯罪嫌疑人、被告人解除羁押，改为采取取保候审。 如果到了法定期限不能办结，对于在押的犯罪嫌疑人、被告人原则上应当释放。对于还需要继续侦查、审查决定是否提起公诉或者继续审理的案件的犯罪嫌疑人、被告人，可以采取取保候审、监视居住。
有关部门对 犯罪嫌疑人 超期羁押 犯并没有犯什么罪，没有触犯 刑法 ，只是在程序上存在些许的错误，所以需要进行纠正，如果自己的权益遭受侵害，可以依靠法律手段维护自己的利益。《 刑事诉讼法 》第八十一条 对有 证据 证明有犯罪事实，可能判处徒刑以上 刑罚 的犯罪嫌疑人、被告人，采取 取保候审 尚不足以防止发生下列社会危险性的，应当予以 逮捕 ： （一）可能实施新的犯罪的； （二）有危害国家安全、公共安全或者社会秩序的现实危险的； （三）可能毁灭、伪造证据，干扰 证人 作证或者串供的； （四）可能对被害人、举报人、控告人实施打击报复的； （五）企图自杀或者逃跑的。批准或者决定逮捕，应当将犯罪嫌疑人、被告人涉嫌犯罪的性质、情节，认罪认罚等情况，作为是否可能发生社会危险性的考虑因素。 对有证据证明有犯罪事实，可能判处十年 有期徒刑 以上刑罚的，或者有证据证明有犯罪事实，可能判处徒刑以上刑罚，曾经故意犯罪或者身份不明的，应当予以逮捕。 被取保候审、 监视居住 的犯罪嫌疑人、被告人违反取保候审、监视居住规定，情节严重的，可以予以逮捕。
犯罪嫌疑人及其法定代理人、近亲属或者犯罪嫌疑人委托的律师以及其他辩护人认为存在超期羁押的，有权向做出逮捕决定的人民检察院或者其上级检察院进行投诉。在押的犯罪嫌疑人可以约见驻所检察人员对超期羁押进行投诉。
有权要求立即释放,并提出控告,追究有关人员的法律责任.最高人民检察院还有解释,超期羁押可追究有关人员"非法拘禁罪",所以向检察院提出控告还是非常有效的(检察院有专门的部门监督超期羁押的)
可申请国家赔偿
理论上是这样,不过在某些地方……
犯罪嫌疑人、被告人及其法定代理人、近亲属或者犯罪嫌疑人、被告人委托的律师及其他辩护人对于人民法院、人民检察院或者公安机关采取强制措施超过法定期限的，有权要求解除强制措施。人民法院、人民检察院或者公安机关对于被采取强制措施超过法定期限的犯罪嫌疑人、被告人应当予以释放、解除取保候审、监视居住或者依法变更强制措施。 司法机关对被采取强制措施超过法定期限的如何处理，法律规定了三种办法： 1、对于犯罪嫌疑人、被告人在押的应当予以释放 2、对于取保候审超过十二个月或者监视居住超过六个月的，应当解除取保候审、监视居住 3、变更强制措施，如对被羁押犯罪嫌疑人、被告人解除羁押，改为采取取保候审。 如果到了法定期限不能办结，对于在押的犯罪嫌疑人、被告人原则上应当释放。对于还需要继续侦查、审查决定是否提起公诉或者继续审理的案件的犯罪嫌疑人、被告人，可以采取取保候审、监视居住。
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