在刑事案件由公诉案件转为自诉案件的情况下，该案件仍然是不可以由人民法院进行调解，被告人也不可以反诉，事实清楚情节简单的，可以适用简易程序。《刑事诉讼法》规定，对于有被害人的案件，决定不起诉的，人民检察院应当将不起诉决定书送达被害人。
《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百八十条对于有被害人的案件，决定不起诉的，人民检察院应当将不起诉决定书送达被害人。被害人如果不服，可以自收到决定书后七日以内向上一级人民检察院申诉，请求提起公诉。人民检察院应当将复查决定告知被害人。对人民检察院维持不起诉决定的，被害人可以向人民法院起诉。被害人也可以不经申诉，直接向人民法院起诉。人民法院受理案件后，人民检察院应当将有关案件材料移送人民法院。
公诉转自诉案件其实是对公安机关，检察院行为的一种审查，是一种监督纠错机制，本质上仍是公诉案件，不可以反诉。只不过赋予了被害人自诉的救济权利，因此是不允许调解的，除了民事赔偿部分。但是根据法律相关规定，可以进行和解。对于有被害人的案件，决定不起诉的，人民检察院应当将不起诉决定书送达被害人。
《中华人民共和国刑事诉讼法》
第四十六条
公诉案件的被害人及其法定代理人或者近亲属，附带民事诉讼的当事人及其法定代理人，自案件移送审查起诉之日起，有权委托诉讼代理人。自诉案件的自诉人及其法定代理人，附带民事诉讼的当事人及其法定代理人，有权随时委托诉讼代理人。
人民检察院自收到移送审查起诉的案件材料之日起三日以内，应当告知被害人及其法定代理人或者其近亲属、附带民事诉讼的当事人及其法定代理人有权委托诉讼代理人。人民法院自受理自诉案件之日起三日以内，应当告知自诉人及其法定代理人、附带民事诉讼的当事人及其法定代理人有权委托诉讼代理人。
回答如下：
1、该情况属于自诉案件第三类：受害人有证据证明的其他侵犯其人身、财产的行为，公安机关、检查机关不予立案、不予追究行为人刑事责任（撤销案件、不批准逮捕、不起诉）并已发出书面不予追究决定的案件，受害人有权向上级公安机关申诉或者向检察院提出监督申请，受害人也有权直接向有管辖权的人民法院提起刑事自诉，人民法院应当受理。
2、人民法院受理后不是形式审查，而是形式和实质都审查，若发现自诉人没有证据证明被告人实施上述行为或者行为人不构成犯罪的，可以劝说自诉人撤回自诉，自诉人不撤诉的，人民法院应当裁定驳回自诉，而不是判决无罪。对裁定不服的，自诉人有权在5天之内上诉。
3、此类自诉案件为“公转自”案件，不适用调解，不适用反诉，也不适用简易程序审理，但当事人可以自行和解。
公诉转自诉案件不适用反诉制度。公诉转自诉案件其实是对公安机关、检察院行为的一种审查，是一种监督纠错机制。它本质上仍是公诉案件，只不过赋予了被害人自诉的救济权利，因此是不允许反诉的。
《刑事诉讼法》第一百八十条规定，对于有被害人的案件，决定不起诉的，人民检察院应当将不起诉决定书送达被害人。被害人如果不服，可以自收到决定书后七日以内向上一级人民检察院申诉，请求提起公诉。人民检察院应当将复查决定告知被害人。对人民检察院维持不起诉决定的，被害人可以向人民法院起诉。被害人也可以不经申诉，直接向人民法院起诉。
因为公诉转自诉案件是指按管辖范围属于国家公诉的案件，但是因为由于国家消极行使公诉权，被害人为维护自身的合法权益而直接向人民法院提起诉讼，通过自诉方式追诉犯罪的案件。这些案件本质上是公诉案件，不可以反诉。
法律分析
公诉转自诉案件其实是对公安机关，检察院行为的一种审查，是一种监督纠错机制。它本质上仍是公诉案件，只不过赋予了被害人自诉的救济权利，因此是不允许调解的，除了民事赔偿部分。但是根据法律相关规定，可以进行和解。公诉转自诉案件可以和解。对于有被害人的案件，决定不起诉的，人民检察院应当将不起诉决定书送达被害人。被害人如果不服，可以自收到决定书后七日以内向上一级人民检察院申诉，请求提起公诉。人民检察院应当将复查决定告知被害人。对人民检察院维持不起诉决定的，被害人可以向人民法院起诉。被害人也可以不经申诉，直接向人民法院起诉。人民法院受理案件后，人民检察院应当将有关案件材料移送人民法院。起诉的人必须是被害人向公安机关报案的可以是被害人，也可以是其他知情人。法院不 接待报案人、举报人，只接待被害人。被害人不起诉，其他人要求起诉的法院不受理。必须有公安机关或者检察院不予追究被告人刑事责任的证据。
法律依据
《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百零七条 法庭审判的全部活动，应当由书记员写成笔录，经审判长审阅后，由审判长和书记员签名。法庭笔录中的证人证言部分，应当当庭宣读或者交给证人阅读。证人在承认没有错误后，应当签名或者盖章。法庭笔录应当交给当事人阅读或者向他宣读。当事人认为记载有遗漏或者差错的，可以请求补充或者改正。当事人承认没有错误后，应当签名或者盖章。
自诉和公诉案件审理程序基本项目，只是在细节方面有一定的区别。
1，公诉案件证据不足，不能认定被告人有罪的，法院应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决；而对于缺乏罪证的自诉案件，如果自诉人提不出补充证据，法院应当说服自诉人撤回自诉，或者裁定驳回。
2，自诉人经两次依法传唤，无正当理由拒不到庭的，或者未经法庭许可中途退庭的，按撤诉处理。；而对于简易的刑事公诉案件，检察机关可以不派员出庭支持公诉。
3，法院对自诉案件，可以进行调解；自诉人在宣告判决前，也可以同被告人自行和解或者撤回自诉；公诉案件则不适用调解。
4， 自诉案件的被告人在诉讼过程中，可以对自诉人提起反诉；同样规定不适用于公诉案件。
5，对告诉才处理的案件，被害人有证据证明的轻微刑事案件，人民法院可以调解。调解应当在查清事实，分清是非的基础上进行。调解应当坚持自愿、合法的原则，调解不能损害国家、集体和其他公民的利益。法院调解是人民法院行使国家审判权的一种方式。人民法院通过调解方式结案，有利于及时解决轻微刑事案件，防止矛盾激化，提高诉讼效率。自诉案件调解结案的，应发给调解书。调解书一经送达，即发生法律效力。调解无效或调解书送达前一方反悔的，人民法院应当进行判决。
6，自诉人在宣告判决前，可以同被告人自行和解或者撤回自诉自行和解是当事双方行使诉讼权利的一种行为。对于当事人达成自行和解协议或者自诉人申请撤诉的，人民法院应当进行审查，确属自愿合法且不损害国家、社会和其他公民利益的，应当允许。公诉案件则不能如此操作。
7，至于刑事诉讼法第170条第（三）项规定的案件在诉讼过程中能否提起反诉，刑事诉讼法没有专门作限制。但在司法实践中，由于此类案件本身是属于公诉性质的案件“转为”自诉案件来处理的，因而大都性质严重、情节复杂，案件范围广泛，审理难度较大另外两类自诉案件大得多。因此，项再不对反诉作一定限制，更增加了审判的难度，可能影响案件的质量。
8，对不适用简易程序的自诉案件，其第一审审判程序与公诉案件第一审普通程序基本相同，可参照公诉案件第一审普通程序的规定进行。
一、自诉案件第一审程序特点（一）对告诉才处理的案件，被害人有证据证明的轻微刑事案件，人民法院可以调解。调解应当在查清事实，分清是非的基础上进行。调解应当坚持自愿、合法的原则，调解不能损害国家、集体和其他公民的利益。法院调解是人民法院行使国家审判权的一种方式。人民法院通过调解方式结案，有利于及时解决轻微刑事案件，防止矛盾激化，提高诉讼效率。自诉案件调解结案的，应发给调解书。调解书一经送达，即发生法律效力。调解无效或调解书送达前一方反悔的，人民法院应当进行判决。
（二）自诉人在宣告判决前，可以同被告人自行和解或者撤回自诉自行和解是当事双方行使诉讼权利的一种行为。对于当事人达成自行和解协议或者自诉人申请撤诉的，人民法院应当进行审查，确属自愿合法且不损害国家、社会和其他公民利益的，应当允许。对于自诉人申请撤诉，经人民法院审查后，认为自诉人系被强迫、威吓等原因，不是出于自愿的，人民法院应当不予准许。凡自行撤回自诉的案件，除有正当理由不得就同一事实再行起诉。自诉人是二人以上的，其中部分人撤诉，不影响案件的继续审理。自诉经两次合法传唤，无正当理由拒不到庭的，或者未经人民法院许可中途退庭的，按撤诉处理。
（三）被告人可以提出反诉。自诉案件中的告诉才处理的案件，被害人有证据证明的轻微刑事案件，可以适用简易程序，由审判员一人独任审判。对不适用简易程序的自诉案件，其第一审审判程序与公诉案件第一审普通程序基本相同，可参照公诉案件第一审普通程序的规定进行。
公诉刑事案件如果符合自诉条件的，被害人可以自诉。
根据《刑事诉讼法》第二百零四条的规定，对于以下二类公诉案件，被害人可以向法院自诉以追究犯罪嫌疑人的刑事责任：
1、被害人有证据证明的轻微刑事案件；
2、被害人有证据证明对被告人侵犯自己人身、财产权利的行为应当依法追究刑事责任，而公安机关或者人民检察院不予追究被告人刑事责任的案件。
《刑事诉讼法》
第二百零四条 自诉案件包括下列案件：
(一)告诉才处理的案件；
(二)被害人有证据证明的轻微刑事案件；
(三)被害人有证据证明对被告人侵犯自己人身、财产权利的行为应当依法追究刑事责任，而公安机关或者人民检察院不予追究被告人刑事责任的案件。
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