非法侵入计算机信息系统罪的立案标准是：行为人违反国家规定，侵入国家事务、国防建设、尖端科学技术领域的计算机信息系统的，应予立案追诉。对犯此罪的自然人，一般应处三年以下有期徒刑或者拘役。
《刑法》第二百八十五条
违反国家规定，侵入国家事务、国防建设、尖端科学技术领域的计算机信息系统的，处三年以下有期徒刑或者拘役。
违反国家规定，侵入前款规定以外的计算机信息系统或者采用其他技术手段，获取该计算机信息系统中存储、处理或者传输的数据，或者对该计算机信息系统实施非法控制，情节严重的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；情节特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
提供专门用于侵入、非法控制计算机信息系统的程序、工具，或者明知他人实施侵入、非法控制计算机信息系统的违法犯罪行为而为其提供程序、工具，情节严重的，依照前款的规定处罚。
非法侵入计算机信息系统罪立案标准：行为人违反国家规定，故意实施了侵入国家事务、国防建设、尖端科学技术领域计算机信息系统行为的，应当立案追诉。本罪是行为犯，行为人或者单位只要实施了违反国家规定，故意侵入国家事务等计算机信息系统的行为，即构成犯罪，依法追究刑事责任。
《中华人民共和国刑法》第二百八十五条第一款
违反国家规定，侵入国家事务、国防建设、尖端科学技术领域的计算机信息系统的，处三年以下有期徒刑或者拘役。
具有下列情形之一的程序、工具，应当认定为刑法第二百八十五条第三款规定的“专门用于侵入、 非法控制计算机 信息系统的程序、工具”： （一）具有避开或者突破计算机信息系统安全保护措施，未经授权或者超越授权获取计算机信息系统数据的功能的 （二）具有避开或者突破计算机信息系统安全保护措施，未经授权或者超越授权对计算机信息系统实施控制的功能的 （三）其他专门设计用于侵入、非法控制计算机信息系统、 非法获取计算机信息系统数据 的程序、工具。提供上述程序、工具专门用于侵入、非法控制计算机信息系统的，情节严重的，才构成犯罪。情节严重，可理解为提供了大量专门用于侵入、非法控制计算机信息系统的程序、工具的出售专门用于侵入、非法控制计算机信息系统的程序、工具数额大的由于其提供的专门用于侵入、非法控制计算机信息系统的程序、工具被大量使用造成严重危害等。提供 侵入计算机信息 系统工具就是属于明知他人侵入计算机是属于违法的行为还为其提供工具，这种行为完全违反了我国的法律的规定上，这会造成他人的利益受到损失，一般在处罚时就会按所造成的后果来进行判决，不仅要 被判有期徒刑 ，而且还要承担相应的罚金。
破坏计算机信息系统罪立案标准：
1、违反国家规定，对计算机信息系统功能进行删除、修改、增加、干扰，造成计算机信息系统不能正常运行，后果严重的。
2、违反国家规定，对计算机信息系统中存储、处理或者传输的数据和应用程序进行删除、修改、增加的操作，后果严重的。
3、故意制作、传播计算机病毒等破坏性程序，影响计算机系统正常运行，后果严重的。
破坏计算机信息系统功能、数据或者应用程序，具有下列情形之一的，应当认定为刑法第二百八十六条第一款和第二款规定的“后果严重”：
1.造成十台以上计算机信息系统的主要软件或者硬件不能正常运行的；
2、对二十台以上计算机信息系统中存储、处理或者传输的数据进行删除、修改、增加操作的；
3、违法所得五千元以上或者造成经济损失一万元以上的；
4、造成为一百台以上计算机信息系统提供域名解析、身份认证、计费等基础服务或者为一万以上用户提供服务的计算机信息系统不能正常运行累计一小时以上的；
5、造成其他严重后果的。实施前款规定行为，具有下列情形之一的，应当认定为破坏计算机信息系统“后果特别严重”：
1.数量或者数额达到前款第1.项至第2.项规定标准五倍以上的；1.造成为五百台以上计算机信息系统提供域名解析，身份认证、计费等基础服务或者为五万以上用户提供服务的计算机信息系统不能正常运行累计一小时以上的；
3、破坏国家机关或者金融、电信、交通、教育、医疗、能源等领域提供公共服务的计算机信息系统的功能、数据或者应用程序，致使生产、生活受到严重影响或者造成恶劣社会影响的；
法律依据:
《中华人民共和国刑法》 第二百八十六条 【破坏计算机信息系统罪；网络服务渎职罪】违反国家规定，对计算机信息系统功能进行删除、修改、增加、干扰，造成计算机信息系统不能正常运行，后果严重的，处五年以下有期徒刑或者拘役；后果特别严重的，处五年以上有期徒刑。违反国家规定，对计算机信息系统中存储、处理或者传输的数据和应用程序进行删除、修改、增加的操作，后果严重的，依照前款的规定处罚。故意制作、传播计算机病毒等破坏性程序，影响计算机系统正常运行，后果严重的，依照第一款的规定处罚。单位犯前三款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照第一款的规定处罚。
法律分析：提供非法控制计算机信息系统工具罪立案标准为提供了大量专门用于侵入、非法控制计算机信息系统的程序、工具的，出售专门用于侵入、非法控制计算机信息系统的程序、工具数额大的，由于其提供的专门用于侵入、非法控制计算机信息系统的程序、工具被大量使用造成严重危害的等应当立案。法律依据：《中华人民共和国刑法》 第二百八十五条 违反国家规定，侵入国家事务、国防建设、尖端科学技术领域的计算机信息系统的，处三年以下有期徒刑或者拘役。
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