建筑工程欠款合同纠纷的处理是：双方可以协商和解；可以由第三方进行调解；向仲裁机构申请仲裁；向人民法院进行起诉。人民法院受理公民之间、法人之间、其他组织之间以及他们相互之间因财产关系和人身关系提起的民事诉讼。
《中华人民共和国民事诉讼法》第三条人民法院受理公民之间、法人之间、其他组织之间以及他们相互之间因财产关系和人身关系提起的民事诉讼，适用本法的规定。
《中华人民共和国民事诉讼法》第四条凡在中华人民共和国领域内进行民事诉讼，必须遵守本法。
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