企业怕劳动仲裁的原因有：
1、企业需要承担更多的举证责任及相应的不利后果；
2、只有符合法定情形用人单位才能解除劳动合同并要支付经济补偿金；
3、若企业侵犯劳动者的合法利益，害怕劳动仲裁机构裁定企业承担相应的法律责任，如支付二倍工资、罚款等。
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第六条发生劳动争议，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；用人单位不提供的，应当承担不利后果。
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