申请劳动仲裁对公司有以下影响：公司侵害劳动者权益的劳动仲裁案件败诉的，不利于招聘新的劳动者；公司未按规定履行，对方申请强制执行的，人民法院有权根据不同情形扣押、冻结、划拨、变价被执行人的财产；公司维护自己合法权益仲裁胜诉的，有利于公司长久经营发展；其他。
《中华人民共和国仲裁法》第六十二条当事人应当履行裁决。一方当事人不履行的，另一方当事人可以依照民事诉讼法的有关规定向人民法院申请执行。受申请的人民法院应当执行。
《中华人民共和国仲裁法》第六十三条被申请人提出证据证明裁决有民事诉讼法第二百一十三条第二款规定的情形之一的，经人民法院组成合议庭审查核实，裁定不予执行。
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