派出所抓捕恶意讨薪农民工的，一般不算违法。但是农民工讨薪方法没有违反治安处罚法等相关法律规定的，派出所是不可以随便抓人的；人民警察具有制止和惩治违法犯罪活动，保护人民的职责。
《公安机关组织管理条例》第二条公安机关是人民民主专政的重要工具，人民警察是武装性质的国家治安行政力量和刑事司法力量，承担依法预防、制止和惩治违法犯罪活动，保护人民，服务经济社会发展，维护国家安全，维护社会治安秩序的职责。
《公安机关组织管理条例》第三条公安部在国务院领导下，主管全国的公安工作，是全国公安工作的领导、指挥机关。
县级以上地方人民政府公安机关在本级人民政府领导下，负责本行政区域的公安工作，是本行政区域公安工作的领导、指挥机关。
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