农民工专户发工资需要扣个税。个人所得税的起征点是五千，月工资超过五千的，一般是需要缴纳个人所得税的；只要农民工取得的收入，属于个人所得税应税项目，且收入达到纳税标准的，都应依法缴纳个人所得税。
《个人所得税法》第六条
应纳税所得额的计算：
（一）居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。
（二）非居民个人的工资、薪金所得，以每月收入额减除费用五千元后的余额为应纳税所得额；劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得，以每次收入额为应纳税所得额。
（三）经营所得，以每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，为应纳税所得额。
温馨提示：
