保税核注清单是金关二期保税底账核注的专用单证。保税核注清单是反映的是企业生产实际的料号级商品，它满足了海关精细化加工贸易管理需求，而报关单主要用于通关。
《关于启用保税核注清单的公告》三
为简化保税货物报关手续，在金关二期保税核注清单系统启用后，企业办理加工贸易货物余料结转、加工贸易货物销毁（处置后未获得收入）、加工贸易不作价设备结转手续的，可不再办理报关单申报手续；海关特殊监管区域、保税监管场所间或与区（场所）外企业间进出货物的，区（场所）内企业可不再办理备案清单申报手续。
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