单位扣生育津贴属于违法行为，劳动者不用探索原因，直接向当地劳动行政部门投诉。对违法侵害女职工劳动保护权益的单位负责人及其直接责任人员，其所在单位的主管部门，应当根据情节轻重，给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
《女职工劳动保护特别规定》第十二条女职工劳动保护的权益受到侵害时，有权向所在单位的主管部门或者当地劳动部门提出申诉。受理申斥的部门应当自收到申诉书之日起30日内作出处理决定；女职工对处理决定不服的，可以在收到处理决定书之日起15日内向人民法院起诉。
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