纳税人申报错误已经缴税了的处理办法是：
1、纳税人、扣缴义务人办理纳税申报后，发现申报表存在错误，完成修改更正；
2、更正申报需全员全额申报，差额扣款；
3、申报错误更正后，如涉及补缴税款，按规定加收滞纳金。
《中华人民共和国税收征收管理法》第二十五条纳税人必须依照法律、行政法规规定或者税务机关依照法律、行政法规的规定确定的申报期限、申报内容如实办理纳税申报，报送纳税申报表、财务会计报表以及税务机关根据实际需要要求纳税人报送的其他纳税资料。扣缴义务人必须依照法律、行政法规规定或者税务机关依照法律、行政法规的规定确定的申报期限、申报内容如实报送代扣代缴、代收代缴税款报告表以及税务机关根据实际需要要求扣缴义务人报送的其他有关资料。
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