合同中的矛盾条款处理如下：协议优先，协商不成的申请基层组织进行调解，调解不成的可以向法院起诉，当事人有签订仲裁协议或仲裁条款的，可以申请仲裁机构进行仲裁。
《中华人民共和国民法典》第四百六十六条当事人对合同条款的理解有争议的，应当依据本法第一百四十二条第一款的规定，确定争议条款的含义。合同文本采用两种以上文字订立并约定具有同等效力的，对各文本使用的词句推定具有相同含义。各文本使用的词句不一致的，应当根据合同的相关条款、性质、目的以及诚信原则等予以解释。
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