有病假条被扣工资的，如果扣除的数额合法合理的，则员工应当予以接受；如果公司发给员工的工资低于当地最低工资标准的80％的，则员工可以通过协商、调解、仲裁等方式来处理。
《中华人民共和国劳动法》第七十七条用人单位与劳动者发生劳动争议，当事人可以依法申请调解、仲裁、提起诉讼，也可以协商解决。
调解原则适用于仲裁和诉讼程序。
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