本罪与职务侵占罪在犯罪主体上有相似之处，在犯罪客体方面都侵犯了公司的财产权，并损害了其他股东、债权人和社会公众的合法权益，但二者在本质上是有区别的：
（1）犯罪对象有所不同。本罪所侵犯的对象为本公司的注册资本，具有特定性；而职务侵占罪所侵犯的对象为本公司、企业的财物，这里的财物不限于本公司，还包括非公司化的本企业，这里的财物泛指一切有经济价值的钱财和物质，包括有形的，无形的（如电、煤气等）动产、不动产等等。
（2）在客观方面，本罪表现为行为人违反公司法的规定虚假或抽逃出资，数额巨大、后果严重或者有其他严重情节的行为。而职务侵占罪表现为行为人利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。
（3）在主体方面，二者虽同为特殊主体，但其特定范围有所不同。本罪主体是公司发起人、股东；而职务侵占罪的主体是公司、企业或者其他单位的人员，范围较前者要广得多。
（4）在主观方面，二者都出于故意，但本罪没有将本单位财物非法占为已有的目的，职务侵占罪则有此目的。
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