单位不可以从员工工资里扣除保险滞纳金，此费用应该由单位自己承担。用人单位未按时足额缴纳社会保险费的，自欠缴之日起，按日加收万分之五的滞纳金。用人单位不得克扣劳动者工资，但可以代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用。
《中华人民共和国社会保险法》第八十六条用人单位未按时足额缴纳社会保险费的，由社会保险费征收机构责令限期缴纳或者补足，并自欠缴之日起，按日加收万分之五的滞纳金；逾期仍不缴纳的，由有关行政部门处欠缴数额一倍以上三倍以下的罚款。
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