计算机程序是一系列指令的集合，指示计算机一步一步地“工作”，去完成某一特定任务。这些指令即包括代码化的指令，也包括可以被自动转化为代码指令的一组 符号化指令或语句。计算机程序又称计算机软件。一般分为系统程序和应用程序。系统程序与硬件结合在一起，对计算机内部的各个部分起控制作用，是计算的“中 枢神经”。
它与计算机硬件本身是不可分离的。应用程序则是通过人的智力活动，运用数学方法，为完成某一特定的任务而编制的。计算机程序本身的特点决定了计 算机程序的法律保护形式是多种多样的，如著作权法、专利法、商标法、合同法、商业秘密法等。也因为计算机程序法律保护的复杂性，计算机程序的专利保护可以 弥补著作权保护的不足。但是专利法规定，智力活动的规则和方法不能授予专利权。而计算机应用程序通常总是与数学算法相关联，但又不是单纯的数学方法和数学 算法，而是包含在构成一个完整的技术方案中，是运用一些数学方法或者数学算法来解决该技术方案中某些技术问题，并产生技术效果。这就是说，一项含有计算机 程序的发明创造专利申请，可以给予专利保护的必要条件有两个，一是必须能够产生技术效果；二是必须能够构成一个完整的技术方案。总之，我国专利法没有明确 规定计算机应用程序不能给予专利保护。
授予专利权的“三性”要求对专利申请和审查来说都十分重要。根据我国专利法第22条规定，授予专利权的发明和实用新型，应当具备新颖性、创造性和实用性。基因专利也必须符合“三性”，在实用性上还有更高要求。 新颖性，是指在申请日以前没有同样的发明或者实用新型在国内外出版物上公开发表过、在国内公开使用过或者以其他方式为公众所知，也没有同样的发明或者实用新型由他人向国务院专利行政部门提出过申请并且记载在申请日以后公布的专利申请文件中。在理论上，又可以分为绝对新颖性(不为公众所知)，相对新颖性(未被公开使用)。基因序列的新颖性判断比创造性和实用性简单，往往参照期刊杂志或商务(或公共)基因银行公布的信息，如果申请的序列已经被部分(或全部)公开，则缺乏新颖性。
创造性，是指同申请日以前已有的技术相比，该发明有突出的实质性特点和显著的进步，该实用新型有实质性特点和进步。在基因领域，考虑到其特殊性，采用参考性判断方法即引入往往是长期悬而未决的难题、他人的失败、商业上的成功等参考性因素往往能使模糊的创造性判断清晰化。
实用性，是指该发明或者实用新型能够制造或者使用，并且能够产生积极效果。简单的说，实用性就是指产业上能够应用，在基因工程领域，测序技术相当发达，一天就可以测出很多基因序列，但功能的研究确是很复杂，随着专利法对基因专利申请要求的提高，只有具有了确定的功能才能提出申请。在实际上，我国基因专利在实用性上存在着问题，在基因专利申请浪潮背后存在着一定的质量问题，这是值得忧虑的。另外，还有一个再现性问题，这往往归为实用性的一部分。
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