对申请文件的主动修改和补正也是申请人可以视需要选择的一项手续。
实用新型和外观设计专利申请，只允许在申请日起2个月内提出主动修改。
发明专利申请只允许在提出实审请求和收到专利局发出的发明专利申请进入实质审查阶段通知书之日起3个月内对申请文件进行主动修改。
(1)遵守答复期限，逾期答复和不答复后果是一样的。
针对审查意见通知书指出的问题，分类逐条答复。答复可以表示同意审查员的意见，按照审查意见办理补正或者对申请进行修改;也可以不同意审查员的意见，并对此进行申辩和陈述的意见及理由。
(2)属于格式或者手续方面的缺陷，一般可以通过补正消除缺陷;明显性缺陷一般难以通过补正或者修改消除，多数情况下只能就是否存在或属于明显性缺陷进行申辩和陈述意见。
(3)对发明或者实用新型专利申请的补正或者修改均不得超出原说明书和权利要求书记载的范围，对外观设计专利申请的修改不得超出原图片或者照片表示的范围。修改文件应当按照规定格式提交替换页。
(4)答复应当按照规定的格式提交文件。如提交补正书或意见陈述书。申请人使用补正书还是意见陈述书，应当根据审查员要求选用。一般补正形式问题或手续方面的问题使用补正书，修改申请的实质内容使用意见陈述书，申请人不同意审查员意见，进行申辩时使用意见陈述书。
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