在部分自侦案件中由于犯罪嫌疑人的供述和辩解经常出现反复甚至翻供的现象，给案件认定带来了一定困难；加之，自侦案件所收集的直接证据相对较少，因此如何有效运用间接证据使之形成锁链认定案件就成为必须重视的问题。
在自侦案件中，大多数案件都是依靠直接证据和间接证据构成的证明网络定案的，只有少数案件才是完全依靠间接证据定案。所以，运用间接证据定案必须注意以下问题：
（一）树立间接证据重要性的意识。直接证据虽能直接证明案件主要事实，但如果不与间接证据结合，案件的认定就比较困难。只有被告人的供述，没有其他证据的，不能对被告人定罪和处以刑罚。因此，侦查人员在主观上必须树立既要收集直接证据又要收集间接证据的意识，高度重视间接证据的作用。实际上，间接证据是侦查中发现犯罪分子的先导，是鉴别直接证据真伪的手段，是有些案件定案的主要依据。因此，那种片面追求直接证据的做法，只注意直接证据的作用而忽视间接证据，对于侦查工作是有害的。如果热衷于收集直接证据，不注意深入调查研究甚至不惜用刑讯、威胁、引诱、欺骗等非法方法获取犯罪嫌疑人口供；不注意收集案件中应该收集且可能收集的间接证据，就可能使一些自侦案件不能及时破获。
（二）消除没有直接证据不能定案的顾虑。在侦查工作中，我们一方面要尽量收集直接证据，另一方面要注意防止没有直接证据就不能定案的倾向。只要所收集的间接证据是经过查证属实的，它们与案件事实有客观联系，相互之间没有矛盾，最后形成的证明体系排除了其他可能性，得出的结论是唯一的，就可以定案。对那种没有直接证据但已有足够的间接证据可以定案而不敢作出结论的顾虑，必须注意及时消除。
（三）彻底改变间接证据数量越多越好的观念。在没有直接证据的案件中，有的侦查人员认为间接证据收集得越多，越能认定案件。这种机械的数量指标意识是不正确的。当间接证据成为案件的唯一证据时，其证明力并不取决于它的数量，而是取决于它是否能形成完整的、协调的、严密的证明体系，一旦形成锁链体系，就可以定案。否则，即使有一大堆不能形成体系的间接证据，案件也是无法认定的。
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