专利法和《若干规定》列举了上述四种确定专利侵权损害赔偿数额的方法。但是，在审判实践中，由于专利侵权案件的案情复杂多样，对于如何选择计算方法，以及由谁来选择，存在不同观点。我们认为，专利法和《若干规定》在规定上述四种确定专利侵权损害赔偿数额的方法时体现了一定的顺序性和有限选择权。按照权利人因被侵权所受到的损失确定赔偿数额和按照侵权人因侵权所获得的利益确定赔偿数额是并列第一位的，参照专利许可使用费的倍数合理确定赔偿数额是第二位，适用法定赔偿原则确定赔偿数额处于第三位。既然专利侵权诉讼归属于民事诉讼，权利人通过司法途径救济其权利，应首先尊重当事人的意思自治，尊重当事人对计算方法的选择，因为当事人最清楚哪种方法能最好地保护其利益，适用哪种方法最方便其举证。在此情况下，法院只是对当事人的选择进行审查，审查的内容包括事实审查即事实依据是否客观真实和法律审查即其计算的方法是否符合法律的规定。原告作为权利人有权在上述四种方法中进行选择，但当被告作为被控侵权人在前位于原告的方法上形成有效抗辩时，则以被告主张的方法为标准。
按照权利人因被侵权所受到的损失确定赔偿数额时应注意的问题。首先，该方法只能适用于对于某一相对稳定的市场中，专利权人和侵权人是市场唯一竞争者且权利人自身的生产因素未发生变化的情况。其次，权利人因被侵权所受到的损失可以根据权利人的专利产品因侵权所造成销售量减少的总数乘以每件专利产品的合理利润所得之积计算。有的同志认为，应按照权利人的专利产品因侵权所造成销售量减少的总数乘以每件侵权产品的利润所得之积计算，这种观点不妥：当侵权产品的利润低于专利产品的利润时，如果按侵权产品的利润进行赔偿，权利人可能得到比自己进行生产还要少的收益，而权利人本应享有独占利益的专利产品市场已被侵权人破坏，这不符合补偿性赔偿原则;当侵权产品的利润高于专利产品的利润时，如果按侵权产品的利润进行赔偿，权利人可能得到比自己进行生产还要多的收益，也不符合补偿性赔偿原则。另外，当权利人专利产品销售量减少的总数难以确定时，侵权产品在市场上销售的总数乘以每件专利产品的合理利润所得之积可以视为权利人因侵权所受到的损失。
按照侵权人因侵权所获得的利益确定赔偿时应注意的问题。首先，如果侵权人帐目清楚，一般以侵权人帐面记载的盈利额作为计算赔偿额的依据。但是，在确认时必须特别注意审查其帐面盈利情况的真伪，避免将虚假的盈利情况作为计算的依据。其次，侵权人因侵权所获得的利益可以根据该侵权产品在市场上销售的总数乘以每件侵权产品的合理利润所得之积计算，侵权人因侵权所获得的利益一般按照侵权人的营业利润计算，对于完全以侵权为业的侵权人，可以按照销售利润计算。
另外，在确认侵权成立的情况下，可责令侵权人提供其侵权期间所获利润的证据，如其不提供或提供伪证的，则以权利人的诉讼请求作为赔偿额。因为侵权人不将其侵权期间所获利润的证据提交给法院的原因往往是其侵权利润超过权利人的诉讼请求额。当然，适用这种方法时要考虑专利权人的诉讼请求是否符合 实际，是否和侵权人的生产规模相当。
参照专利许可使用费的倍数合理确定赔偿数额时应注意的问题。当侵权人的侵权状况与专利许可使用状况具有不可比性时，此方法不宜采用。如专利许可给某大型企业，许可期限为五年，许可方式为全国独占实施，而侵权人为一个体工商户，侵权时间不足一年，此时，如参照专利许可使用费的倍数来确定赔偿数额，显然对侵权人是不公正的。所以，适用此种计算方法时，首先确定专利许可使用与侵权人的侵权行为有无可比性。其次，如何确定“倍数”，则须综合考量专利权人的损失状况，以完全补偿其损失为准，仍应坚持补偿性赔偿原则。
从理论上讲，上述三种计算赔偿数额的方法是周密可行的，但在司法实务中却有很大的局限性。《若干规定》关于法定赔偿的规定解决了前述三种方法的局限性，在适用法定赔偿时应注意：
(一)审慎适用法定赔偿原则。法官适用法定赔偿确定赔偿数额是行使自由裁量权的体现，对此必须严格审慎，以维护法律的严肃性。只有在上述三种计算方法均无法适用的情况下，方可适用法定赔偿。
(二)适用法定赔偿，是法官基于对整个案件的理解后的内心公正的体现。适用法定赔偿时应综合考虑下列因素：
1.技术性因素。主要是指专利权人所拥有的专利的技术含量、技术等级、被侵权时专利已受保护的年限，专利技术在原告的产品技术及利润中所占的比重，专利产品在市场上的影响等。这些因素直接决定了原告专利权受保护的程度。
2.主观性因素。主要是指侵权人主观过错状态。如侵权是故意还是过失，是多次侵权还是第一次侵权，经专利权人警告后是否停止侵权，是故意扩大侵权还是积极消除侵权的影响等。
3.侵权行为的外在表现特征。如侵权时间的长短或持续状态，侵权人的企业规模和投入到侵权行为中的职工、设备、资金规模，侵权产品的销售情况及对专利产品的市场冲击状况。
4.专利权人为制止侵权而付出的情况。如专利权人为调查侵权人的侵权行为在时间、金钱等方面的付出，或为制止侵权在相关媒体上进行公告，支出诉讼费用、公证费用、律师费及鉴定费用等。
5.债务人负担债务的能力。不论如何确定侵权赔偿数额，最终还是由侵权人来负担。脱离债务人的债务负担能力，不切实际地重判，也是徒劳。所以，在综合考虑上述因素的同时，还要考虑到侵权人现时的或近期的负担能力，从而切实地保护专利权人的利益。
三、关于权利人为制止侵权行为所支出的费用问题
在通常情况下，权利人为制止侵权行为都要支付一定的费用，只要是合理的支出，都应当属于权利人因制止侵权行为而受到的损失，应当判令侵权人给予权利人赔偿。《若干规定》总结了多年专利审判实践经验，其第22条规定，人民法院根据权利人的请求以及具体案情，可以将权利人因调查、制止侵权所支付的合理费用计算在赔偿数额范围之内。当事人为诉讼支出的律师费是否属于为制止侵权所支付的合理费用，对此，专利法和《若干规定》均未涉及。当事人为诉讼支出的律师费属于为制止侵权所支付的合理费用，可以计算在赔偿数额之内。因为，一方面TRIPs 协议第45条第二项明确规定了司法当局应有权责令侵权人向权利人支付其开支，其中可包括适当的律师费;另一方面我国有关商标权的司法解释也明确规定，人民法院根据权利人的请求以及具体案情，可以将符合国家有关部门规定的律师费计算在赔偿数额范围内。这样既保证了我国国内知识产权诉讼制度的统一，又符合TRIPs 协议规定的精神，履行了我国加入世界贸易组织时的庄严承诺。在适用上述规定时应注意，当按照权利人因被侵权所受到的损失或按照侵权人因侵权所获得的利益来确定赔偿数额时，包括律师费在内的当事人为制止侵权所支出的合理费用可单独列项判决或调解;当参照专利许可使用费的倍数或适用法定赔偿来确定赔偿数额时，包括律师费在内的当事人为制止侵权所支出的合理费用应一并考量，不宜再单独列项判决或调解。
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