二者的法律性质不同，刑事拘留是刑事诉讼活动中的一种保证性措施，其本身不具有惩罚性；而行政拘留是依据行政法律作出的行政处罚，其本身具有惩罚性。
二者适用对象不同，刑事拘留适用于刑事案件中现行犯或者重大嫌疑分子，是即将被追究刑事责任的对象；而行政拘留适用于其违法行为按照相应的行政法律应予以惩戒的人，该人的违法行为尚不构成刑事犯罪。
二者适用目的不同，适用刑事拘留的目的是保证刑事诉讼活动顺利进行；而行政拘留的目的是处罚和教育一般违法行为的人。
二者羁押期限不同，对于一般现行犯、重大嫌疑分子，刑事拘留的最长期限是14天，对于流窜作案、多次作案、结伙作案的重大嫌疑分子的最长拘留期限为37天；而行政拘留的最长期限是15天。
（1）法律性质不同。刑事拘留是一种预防性措施，它是针对可能出现的妨碍刑事诉讼的行为而采用的；司法拘留则是一种排除性措施，是针对已经出现的妨碍诉讼活动的严重行为而采取的。
（2）法律根据不同。刑事拘留是根据刑事诉讼法的规定采用的；司法拘留则是分别根据刑事诉讼法、民事诉讼法和行政诉讼法的规定采用的。
（3）适用对象不同。刑事拘留是刑事诉讼法规定的刑事诉讼强制措施，适用对象仅限于刑事案件中的现行犯或者重大嫌疑分子。司法拘留的适用对象是所有在诉讼过程中实施了妨害诉讼行为的人，既包括诉讼当事人和其他诉讼参与人，也包括案外人。
（4）有权采用的机关不同。刑事拘留依法由公安机关、人民检察院决定，并由公安机关执行。司法拘留依法由人民法院决定并由人民法院司法警察执行。
（5）与判决的关系不同。刑事拘留的期限可以折抵刑期。司法拘留仅仅是对有妨害诉讼行为人的惩戒，与判决结果无任何关系。
（6） 期限不同。刑事拘留期限拘最长为37日；司法拘留的期限则最长为15日。
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