在立案监督实践中对于如何运用调查手段存在两种极端倾向：
一是未能大胆运用一切可行的调查手段开展调查工作；二是在调查中贸然采用侦查措施。
由于不清楚“调查”与“侦查”的界限，或者无视两者的区别，在立案监督的调查中走向另一个极端，贸然对犯罪嫌疑人采取拘传、留置、监视居住等手段，有的为了达到立案监督的目的，甚至不顾及是否违纪违法，对犯罪嫌疑人进行刑讯逼供。还有的在立案监督的调查活动中采用搜查、扣押等强制性措施，使立案监督的调查工作走入误区。
立案监督中的调查活动应与侦查活动一样同属于司法调查，同时亦应该是一种专门调查。否则，对有些案件的调查就不能有效、深入地进行下去。但究竟可以采用哪些调查手段，而采取的调查手段又不侵犯侦查权呢？要回答这个问题，应该先搞清立案监督中的调查工作与刑事侦查的区别。
立案监督中的调查工作与刑事侦查的主要区别有以下几点：
1．二者的目的和意义不同。刑事侦查活动的目的是收集证据、证实犯罪、查获犯罪嫌疑人，具有证明和确认犯罪的实体意义，是提起公诉和审判的基础和前提。检察机关开展的立案监督活动是为了纠正侦查机关在立案阶段的违法行为。
2．二者针对的对象不同。刑事侦查的对象是已立案后的犯罪事件，而立案监督中调查活动的对象是侦查机关有案未立的违法事件。
3．通过刑事侦查取得的材料可以作为刑事诉讼证据，而通过立案监督中的调查工作取得材料不能直接作为刑事诉讼证据使用。
4．刑事侦查是专门调查工作和有关强制性措施的紧密结合，立案监督中的调查工作不具有法律强制性。刑事侦查中的专门调查工作与有关的强制性措施密不可分，专门调查工作是基础、是重点，强制性措施是调查工作顺利进行的保障。而立案监督中调查工作作为刑事案件立案前的一项活动，是不能使用任何强制性措施的。
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