人民检察院对直接受理的案件的侦查，是指人民检察院对自己受理的案件，依法进行的专门调查工作和有关的强制性措施。
人民检察院对直接受理的案件的侦查，除法律明确规定的以外，适用刑事诉讼法有关公安机关侦查的规定。人民检察院直接受理的案件中，符合刑事诉讼法第60、61条第4项和第5项规定情形，需要逮捕、拘留犯罪嫌疑人的，由人民检察院作出决定，由公安机关执行。人民检察院作出的拘留决定送达后，公安机关应当立即执行，人民检察院可以协助执行。对被拘留的人，应当在拘留后24小时以内进行讯问。在发现不应当拘留的时候，必须立即释放，发给释放证明。对需要逮捕而证据还不充足的，可以取保候审或者监视居住。
对被拘留的人认为需要逮捕的，应当在10日以内作出决定。在特殊情况下，决定逮捕的时间可以延长1日至4日。对不需要逮捕的，应当立即释放；对于需要继续侦查，并且符合取保候审、监视居住条件的，依法取保候审或者监视居住。最高人民检察院直接立案侦查的案件，符合刑事诉讼法第124、126条和第127条规定的条件，需要延长犯罪嫌疑人侦查羁押期限的，由最高人民检察院依法决定。人民检察院不能在法定侦查羁押期限内侦查终结的，应当依法释放犯罪嫌疑人或者变更强制措施。
人民检察院办理职务犯罪案件讯问犯罪嫌疑人程序将发生重大变化。2006年1月17日，在浙江宁波召开的全国检察机关推行讯问职务犯罪嫌疑人全程同步录音录像工作现场会要求，人民检察院办理职务犯罪案件每一次讯问犯罪嫌疑人时都应当对讯问全过程实施不问断的录音录像。
这项工作将分“三步走”：
第一步，从2006年3月1日开始，全国检察机关办理职务犯罪案件讯问职务犯罪嫌疑人必须实行全程同步录音，最高人民检察院、省级人民检察院、省会(首府)市人民检察院和东部地区分州市人民检察院办理贿赂案件和其他职务犯罪要案，还必须实行讯问犯罪嫌疑人全程同步录像。
第二步，从2006年底开始，中西部地区分州市人民检察院和东部地区县区级人民检察院办理贿赂案件和其他职务犯罪要案，必须实行讯问犯罪嫌疑人全程同步录像。
第三步，从2007年10月1日开始，全国检察机关办理职务犯罪案件讯问犯罪嫌疑人必须实行全程同步录音录像。提倡和鼓励有条件的地方尽早推行全程同步录音录像。最高人民检察院已经制定《人民检察院讯问职务犯罪嫌疑人实行全程同步录音录像的规定(试行)》和《人民检察院讯问职务犯罪嫌疑人实行全程同步录音录像技术规范》，对讯问全程同步录音录像的范围、时间、地点、实施主体、技术要求以及录音录像资料的复制、移送、使用和管理等，从程序和技术层面提出了明确要求。
实行讯问职务犯罪嫌疑人全程同步录音录像，应当把握好四条原则：
一是全程同步的原则。必须坚持同步、全程录音录像；不能任意选择取舍。二是程序规范的原则。办案干警和技术人员必须严格按规定程序操作，切实防止程序违法和程序疏漏。三是客观真实原则。任何人不得对同步录音录像资料擅自进行剪辑或技术处理。四是严格保密原则，必须切实加强各个环节的保密工作，严防录音录像资料泄露、流失。
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