存疑不起诉是修改后的刑诉法对我国公诉制度的一项重要完善，是法律赋予人民检察院自由裁量权的表现形式。这一规定对于减少讼累，提高诉讼效率和质量意义重大，是诉讼经济效益价值原则的具体体现。
根据刑诉法第一百四十条第四款的规定，适用存疑不起诉必须具备两个条件：
(一)案件必须经过补充侦查。这是程序条件，这里涉及到的问题有两个：
1.由谁负责补充侦查。
法律规定可退回侦查机关补查，也可以由检察机关自行补查。现在多数人赞同由公安机关补查，笔者赞同这种观点。因为，第一，公安机关查过该案，熟悉侦查的过程和症结所在，加上其侦查装备水平优于检察机关，这样就可以避免重复劳动且取得事半功倍的效果;第二，这一做法也是宪法确定的三机关分工负责、相互配合、相互制约原则的具体体现。当然，若原侦查人员有徇私舞弊嫌疑的可由检察机关补查。
2.补查的次数是否必须有两次。
一般还是应以两次为宜。因为既然是证据不足，那就意味着此案有诸多疑点，应至少补查两次。现行刑诉法对此规定就是为了解决1979年刑诉法造成的无限期滥用退侦手段导致的种种弊端。
(二)案件证据不足，不符合起诉条件。这是实体条件。值得一提的是，这里证据不足是指基本犯罪事实的不足，对那些多个罪名多个犯罪事实的案件，如果仅仅是某一罪名或某一事实不清楚，并不足以影响对整个案件的起诉。
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