1、划清一般非法拘禁行为与非法拘禁犯罪。非法拘禁行为，只有达到相当严重的程度，才构成犯罪。因此，应当根据情节轻重、危害大小、动机为私为公、拘禁时间长短等因素，综合分析，来确定非法拘禁行为的性质。
2、划清违法拘捕与非法拘禁罪的界限。两者的区别主要在于违法拘留、逮捕是违反拘留、逮捕法规的行为，一般是司法人员在依照法定职权和条件的情况决定、批准、执行拘捕时，违反法律规定约有关程序、手续和时限，并不具有非法拘禁的动机和目的。如：一般的超时限报捕、批捕；未及时办理、出示拘留、逮捕证；未依法及时通知犯罪嫌疑人家属或单位；未先办理延期手续而超期羁押人犯的等，都不构成非法拘禁罪。因各种客观因素造成错拘、错捕的，也不构成犯罪。
两者都属于侵犯人身权利的犯罪，实践中往往互相牵连，容易混淆。两者的区别在于：
1、主体要件不同。前者是一般主体，后者只能是国家工作人；
2、犯罪对象不同。前者是一般公民，后者只能是被控有违法犯罪行为的犯罪嫌疑人；
3、犯罪行为表现和目的不同。前者是以拘禁或者其他强制方法非法剥夺他人人身自由，后者是对犯罪嫌疑人使用肉刑或者变相肉刑逼取口供。如果两罪一起发生，互有关联的，一般应按牵连犯罪从一重罪处理。非国家工作人员有类似“刑讯逼供”等关押行为的，不定刑讯逼供罪，可以非法拘禁罪论处。
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