医疗事故赔偿，应当考虑下列因素：
（一）医疗事故等级
医疗事故等级本身对于赔偿数额的计算没有任何实际意义，因为损害赔偿数额应按受害人遭受的实际损害后果进行计算。但是，由于医疗事故等级与患者伤残等级存在对应关系，因此该条规定实际是指按患者的伤残程度进行赔偿（一级甲等及四级医疗事故除外）。另外，需要注意的是，并非医疗事故等级愈高赔偿额愈高，二级医疗事故的赔偿额有时会远远高于一级医疗事故。例如，因延误手术时机导致小儿患者90%以上的小肠坏死而形成短肠综合征，医学会鉴定为二级甲等医疗事故。因患者无法正常进食，故需要长期给予肠外营养。该项营养费按每日200～300元计算至70岁（平均预期寿命），其数额可以达到人们以往难以想像的数百万元天文数字，且此类判决已在我国部分地方法院出现。
（二）过失责任程度与疾病参与度
过失责任程度，是指在导致医疗事故损害结果发生的诸多因素中，医疗机构及医务人员的过失行为所占的比例，其理论依据在于许多医疗结果的发生是多种因素所导致，即人们常说的多因一果或多因多果。如果不考虑这一因素而要求医疗机构承担全部损害后果的责任是不公平的。
疾病参与度，法医学界又称为损伤参与度，是指医疗事故造成的损害后果与患者自身疾病共同存在的情况下，前者在患者目前疾病状态中的介入程度，有人又称为原因力的大小。研究疾病参与度的主要意义，在于当确定医疗事故赔偿额时，应充分注意到患者原发疾病对目前疾病状况的影响。
过失责任程度与疾病参与度是两个紧密联系的概念，是一个事物的两个方面。过失责任程度主要是从医务人员的医疗过失的角度确定其应承担的责任大小；疾病参与度是从患者的角度研究其应获得的赔偿额。正是由于两者之间存在的这一关系，因此在确定赔偿额时应将两者同时加以考虑。
（三）医疗事故赔偿计算时的几个参照系
无论是哪一项赔偿，在考虑以上列举的2个因素的同时，还涉及一个非常重要的因素，就是赔偿计算的参照系，即确定了患者的医疗事故等级、医疗机构的责任之后，应该依据什么样的标准来计算赔偿额。
第一步，鉴定医疗事故。医疗事故可通过三条途径解决：双方自行协商、向卫生行政部门提出处理申请或向人民法院提起诉讼。解决的关键在于医疗事故的技术鉴定，医疗事件先由医院所在辖区的区县医学会进行首次鉴定；当事人对首次鉴定结论不服的，可提出再次鉴定的申请，市医学会负责组织鉴定；如果对再次鉴定结论仍不服，可向法院提起诉讼，由法院最终裁定。此外，经市物价局批准，如上海首次（区级）鉴定费是2500元，再次（市级）鉴定费是3500元，属医疗事故鉴定费由医院承担，非医疗事故鉴定费由患方承担。
第二步，由医学会给出医疗事故鉴定报告。报告通常包括三个层次，一、是否属医疗事故。
二、属几级医疗事故（一级医疗事故：造成患者死亡、重度残疾的；二级医疗事故：造成患者中度残疾、器官组织损伤导致严重功能障碍的；三级医疗事故：造成患者轻度残疾、器官组织损伤导致一般功能障碍的；四级医疗事故：造成患者明显人身损害的其他后果的）。
三、医疗人员负有哪种责任（完全责任，医疗机构承担100%的赔偿责任；主要责任承担70%的赔偿责任；次要责任，承担30%的赔偿责任；轻微责任，承担10%的赔偿责任）。
第三步，根据《条例》规定的11项标准计算的医疗事故赔偿基数。
根据11项内容和各地标准逐项对号入座，对医疗事故中需要赔偿的部分累计相加，得出总额。
第四步，计算赔偿总额。计算公式为：赔偿总额=上述11项所加总额医疗过失行为责任程度的赔偿比例。（比例见第二步）
第五步，保险公司或医疗机构根据确定的赔偿总额给予赔付。
从五个步骤可以看出，在新《条例》下，医疗事故的实际赔偿金额是下无底线，上不封顶的。
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