损害赔偿是医疗纠纷案件的核心问题。由于三种不同案由提起的医疗诉讼，法院审理适用法律不同，因此赔偿项目、计算方法和赔偿数额存在差异。
当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等”，第122条规定“因当事人一方的违约行为，侵害对方人身、财产权益的，受损害方有权选择依照本法要求其承担违约责任或者依照其他法律要求其承担侵权责任”。虽然法律规定受害人有两种救济途径可以选择，但有时追究侵权人违约责任要比追究其侵权责任困难的多。
医疗事故赔偿项目包括医疗费、误工费、住院伙食补助费、陪护费、残疾生活补助费、残疾用具费、丧葬费、被扶养人生活费、交通费、住宿费和精神损害抚慰金共11项，并明确了计算标准。
赔偿项目有医疗费、误工费、住院伙食补助费、护理费、残疾生赔偿金、残疾辅助器具费、丧葬费、被扶养人生活费、交通费、住宿费、死亡赔偿金和精神损害抚慰金等12项。
医疗事故引起的医疗赔偿纠纷而言，诉讼时效的争议主要发生在对“权利被侵害时”的理解不一。根据现行法律规定，医疗事故引起的医疗赔偿纠纷案件必须具备一个前置条件，即已构成医疗事故。而医疗事故的确认权限专属于设区的市级地方医学会和省、自治区、直辖市直接管辖的县（市）地方医学会及其以上各级医学会。在未经上述医学会的医疗事故鉴定和认定之前，医患双方均不可能“知道或者应当知道”。
因此，对医疗事故赔偿纠纷而言，民法通则之“从知道或者应当知道权利被侵害时起计算”应理解为“从知道或者应当知道被确认为医疗事故时起计算”。同时，医疗事故认定是一个需经特定程序的鉴定过程，故知道或者应当知道被确认为医疗事故的时间通常滞后于人身损害的实际发生时间，短则数月、长则数年或更长时间。不能以人身损害的实际发生时间已超过一年作为案件超过诉讼时效的抗辩理由。
总上，医疗纠纷案件的诉讼时效起算时间大体有四种起算点，即侵权损害发生之时、能证明知道侵权损害发生的相关证据形成之时、侵权损害事实被实际发现之时和医疗事故被法定机构认定之时。
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