按照我国现行法律规定，医疗纠纷的案由有三种：
1、医疗服务合同纠纷；
2、医疗事故损害赔偿纠纷；
3、一般医疗损害赔偿纠纷。三种不同案由适用的法律依次是《人身损害解释》、《医疗事故处理条例》和《民法通则》等法律规定。
很显然，合同纠纷自然要适用《合同法》及相关、行政法规的规定，对此不具争议；但在医疗侵权纠纷上则争议颇大，如前所述医疗事故损害赔偿纠纷和医疗损害赔偿纠纷的法律属性相同，都属于侵犯人身权引发的侵权纠纷，本应适用统一的法律规定，然而实践中则形成医疗损害赔偿纠纷适用《民法通则》和《关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》，而医疗事故损害赔偿纠纷适用《医疗事故处理条例》及配套的的法规文件的局面。
由于适用《人身损害解释》的赔偿数额远远大于适用《条例》，因此原告大多选择以医疗损害赔偿纠纷为案由提起诉讼，导致《医疗事故处理条例》的边缘化，暴露出允许“医疗事故”和“医疗损害”两种案由并存的弊端。
虽然2003年1月6日最高人民法院下发“关于参照《医疗事故处理条例》审理医疗纠纷民事案件的通知”，试图协调《民法通则》、《人身损害解释》和《医疗事故处理条例》在处理医疗纠纷案件时的法律适用问题，但因为各级层法院内部的意见不一致，无法短时间内达到统一。
为解决这个问题，各省、自治区、直辖市高院都在积极研究和探讨有效解决办法，北京市高院与2005年7月13日率先出台《关于审理医疗损害赔偿纠纷案件若干问题的意见（试行）》，对诉辩事由、举证责任、医疗鉴定赔偿责任等具体法律问题做出指导性规定”。最高人民法院正在蕴酿出台关于审理医疗损害赔偿纠纷案件的司法解释。
发生纠纷时患者怎样获得医疗事故赔偿：
1、发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决；不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。
2、双方当事人协商解决医疗事故的赔偿等民事责任争议的，应当制作协议书。协议书应当载明双方当事人的基本情况和医疗事故的原因、双方当事人共同认定的医疗事故等级以及协商确定的赔偿数额等，并由双方当事人在协议书上签名。
3、已确定为医疗事故的，卫生行政部门应医疗事故争议双方当事人请求，可以进行医疗事故赔偿调解。调解时，应当遵循当事人双方自愿原则，并应当依据本条例的规定计算赔偿数额。经调解，双方当事人就赔偿数额达成协议的，制作调解书，双方当事人应当履行；调解不成或者经调解达成协议后一方反悔的，卫生行政部门不再调解。
医疗事故赔偿费用，实行一次性结算，由承担医疗事故责任的医疗机构支付。
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