1、本罪与过失销售劣药的界限，由于目前劣药在市场中大量存在，以及销售主体的多元化，所以因为缺乏药品专业知识和疏忽大意而造成的过失销售劣药的情况也相当普遍，但销售劣药罪只能由故意构成，所以，过失销售劣药即使造成了严危害结果，也不构成犯罪。
2、本罪与生产、销售伪劣产品罪的界限，本罪的犯罪对象与生产、销售伪劣产品罪的犯罪对象存在从属关系，因而易于混淆。但两罪在犯罪客体、犯罪对象以及认定标准上存在着明显的差别。生产、销售劣药，如果对人体健康未造成严重危害的，不构成生产、销售劣药罪，但如其销售金额在5万元以上，根据刑法第149的规定，应构成生产、销售伪劣产品罪。如果生产、销售劣药，既对人体健康造成严重危害，其销售金额又在5万元以上，对此情况，应按照刑法第149条第2款的原则处理，即依照处刑较重的规定定罪处罚。
3、本罪与诈骗罪的界限，二者除犯罪主体不同外，在客观方面也有所不同。生产、销售劣药罪在客观上有生产、销售行为；而诈骗罪的行为人利用欺骗的手段，把根本不具有药品效能的物品当作药品诈骗钱财，甚至不考虑其外观和包装。
本罪与生产、销售假药罪的界限，两罪的区别在于：
1、犯罪对象不同。前者犯罪对象是劣药；后者犯罪对象是假药。
2、犯罪的客观方面的认定标准不同。生产、销售假药罪只要有“足以危害人体健康”的危险状态就能成立；生产、销售劣药罪则须对人体健康造成严重危害才能成立。
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