司法机关认定走私废物罪时，应当注意以下几个问题：
1、本罪属概括性罪名而非选择性罪名。
2、根据刑法第一百五十六条的规定，与走私废物的犯罪分子通谋，为其提供贷款、资金、账号、发票、证明，或者为其提供运输、保管、邮寄或者其他方便的，以走私废物罪的共犯论处。
3、根据刑法第一百五十七条第二款的规定，以暴力、威胁方法抗拒缉私的，以走私废物罪和妨害公务罪实行数罪并罚。
4、划清走私废物罪与非法处置进口的固体废物罪的界限。两者的区别是，前者逃避海关监管，后者则不逃避海关监管；前者处罚的是走私行为，后者处罚的是将固体废物在我国境内倾倒、堆放、处置的行为。因此，如果行为人走私固体废物并在我国境内倾倒、堆放、处置的，则既构成走私废物罪，又构成非法处置进口的固体废物罪，应当实行并罚。
5、划清走私废物罪与擅自进口固体废物罪的界限。两者的区别，一是侵犯的客体不同。前者侵犯的主要是海关的监管制度，后者侵犯的则是国家的环境保护制度。二是客观方面的表现不同。前者表现为逃避海关监管的行为，后者则不逃避海关监管。三是前者属于行为犯，行为人只要走私固体废物、液态废物、气态废物就构成犯罪，而后者则是结果犯，要求造成重大环境污染事故，致使公私财产遭受重大损失或者严重危害人体健康。四是犯罪对象不同。前者走私的废物应当理解为国家禁止进口的固体废物、液态废物、气态废物，而后者进口的则是国家限制进口的固体废物，如果将这些固体废物进口用作原料，必须经国务院有关部门批准。
立案标准逃避海关监管，走私国家禁止进口的废物或者国家限制进口的可用作原料的废物，具有下列情形之一的，应当立案：
1、走私国家禁止进口的非危险性固体废物、液态废物分别或者合计达到一吨以上不满五吨的；
2、走私国家禁止进口的非危险性固体废物、液态废物分别或者合计达到五吨以上不满二十五吨的；
3、未经许可，走私国家限制进口的可用作原料的固体废物、液态废物分别或者合计达到二十吨以上不满一百吨的；
4、走私国家禁止进口的废物并造成重大环境污染事故。
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