（一）股权价值波动下的市场风险
股权设质如同股权转让，质权人接受股权设质就意味着从出质人手里接过了股权的市场风险。而股权价格波动的频率和幅度都远远大于传统用于担保的实物资产。无论是股权被质押企业的经营风险，还是其他的外部因素，其最终结果都转嫁在股权的价格上。当企业面临经营困难出现资不抵债时，股权价格下跌，转让股权所得价款极有可能不足以清偿债务。虽然法律规定质物变价后的价款不足以清偿债务的，不足部分仍由债务人继续清偿。但是，由于中小企业的现实状况，贷款人继续追讨的成本和收益往往不成正比。
（二）出质人信用缺失下的道德风险
所谓股权质押的道德风险，是指股权质押可能导致公司股东“二次圈钱”，甚至出现掏空公司的现象。由于股权的价值依赖于公司的价值，股权价值的保值需要质权人对公司进行持续评估，而未上市公司治理机制相对不完善，信息披露不透明，同时作为第三方股权公司不是合同主体，质权人难以对其生产经营、资产处置和财务状况进行持续跟踪了解和控制，容易导致企业通过关联交易，掏空股权公司资产，悬空银行债权。
（三）法律制度不完善导致的法律风险
1、优先受偿权的特殊性隐含的风险。股权质押制度规定的优先受偿权与一般担保物权的优先受偿权不同，具有特殊性。当出质公司破产时，股权质权人对出质股权不享有对担保物的别除权，因为公司破产时其股权的价值接近于零，股权中所包含的利润分配请求权和公司事务的参与权已无价值，实现质权几无可能。
2、涉外股权瑕疵设质的风险。我国《外商投资企业法》规定，允许外商投资企业的投资者在企业成立后按照合同约定或法律规定或核准的期限缴付出资，实行的是注册资本授权制，即股权的取得并不是以已经实际缴付的出资为前提，外商投资企业的股东可能以其未缴付出资部分的股权设定质权，给质权人带来风险。
（四）股权交易市场不完善下的处置风险
在股权质押融资中，如果企业无法正常归还融资款项，处置出质股权的所得将成为债权人不受损失的保障。由于产权交易市场的不完善，绝大部分非上市公司股权定价机制难以形成，股权难以自由转让，质权人和出质人难以对股权价值进行合理的评估。价值评估过低，会导致出质人无法获得更多的融资;价值评估过高，出质人质权将难以得到有效保障，这在一定程度上也限制了中小企业股权质押融资的规模。
1、依法可转让的股票才可以设置股权质押。实务中，应特别注意公司发起人、董事、监事、经理所持有的本公司股权、公司发起人持有的本公司股份的限售期的规定。但是，对于限售股能否质押，中国证券登记结算公司深圳分公司和中国证券登记结算公司上海分公司在股权质押操作细则上的规定有所不同。
2、股权质押应签订书面合同，股权质押合同自登记之日起生效。《担保法》第七十八条规定：“以依法可转让的股票出质的，出质人与质权人应当订立书面合同，并向证券登记机构办理出质登记。质押合同自登记之日起生效。”股权质押合同经登记方生效，因此，操作中，借款人应在合同中约定在质押合同生效后借款人才支付借款，如质押合同不生效，则借款人有权解除或终止借款合同，以避免借款合同生效而质押合同不生效的风险。
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