1、实施诈骗时所使用的金融道具不同。前者所使用的只能是伪造、变造的其他银行结算凭证；后者使用的分别是票据、信用卡或信用证，可以是伪造、变造的或真实的。
2、诈骗的手段不尽相同。前者只有使用行为一种；后者除使用行为外，还包括其他法定的行为方式，如签发空头支票或无资金保证的汇票、本票，骗取信用证或其他方法的，恶意透支的等。
3、犯罪的直接客体不尽相同。前者侵犯的是国家对其他银行结算凭证的监督、管理制度和公私财产所有权；后者侵犯的分别是国家对金融票据、信用卡、信用证的监督、管理制度和公私财产所有权。实践中，如果从票据、信用卡、信用证均具有银行结算功能看，刑法对金融凭证诈骗罪的规定是属于普通性罪名，而对票据诈骗罪、信用卡诈骗罪、信用证诈骗罪规定则属于特殊性罪名，按照法学理论关于特别法优先于普通法适用的一般精神，对以票据、信用卡、信用证实施诈骗构成犯罪的，只能以票据诈骗罪、信用卡诈骗罪、信用证诈骗罪定罪处罚，不能以金融凭证诈骗罪定罪处罚。
1、犯本罪的，处5年以下有期徒刑或者拘役，并处2万元以上20万元以下罚金；情节严重的，处5年以上10年以下有期徒刑，并处5万元以上50万元以下罚金。所谓情节严重，是指诈骗数额巨大或者具有其他严重情节。所谓数额巨大，根据有关司法解释的规定，是指个人诈骗数额达5万元以上，单位诈骗金额达30万元以上。至于其他严重情节，一般是指进行金融凭证诈骗集团的首要分子；多次进行金融凭证诈骗、恶习不改的；因其诈骗造成受害人巨大经济损失的；金融凭证诈骗款项用于其他违法犯罪活动的。
2、犯本罪，情节特别严重的，处10年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处5万元以上50万元以下罚金或者没收财产。所谓情节特别严重，是指诈骗数额特别自大或者具有其他特别严重情节。个人诈骗数额达到10元以上，单位诈骗达到100万元以上的，根据有关司法解释的规定，即可认定为数额特别巨大。至于其他特别严重情节，主要是指以金融凭证诈骗为常业的，因其诈骗造成他人特别巨大经济损失的，属于惯犯、累犯或多次作案的，具有多个严重情节的。
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