《全国法院审理经济犯罪案件工作座谈会纪要》中规定：
挪用公款罪与贪污罪的主要区别在于行为人主观上是否具有非法占有公款的目的：挪用公款是否转化为贪污，应当按照主客观相一致的原则，具体判断和认定行为人主观上是否具有非法占有公款的目的—在司法实践中，具有以下情形之一的可以认定行为人具有非法占有公款的目的：
（1）根据《最高人民法院关于审理挪用公款案件具体应用法律若干问题的解释》第六条的规定行为人“携带挪用的公款潜逃的”，对其携带挪用的公款部分，以贪污罪定罪处罚。
（2）行为人挪用公款后采取虚假发票平帐、销毁有关帐目等手段，使所挪用的公款已难以在单位财务帐目上反映出来，且没有归还行为的，应当以贪污罪定罪处罚。
（3）行为人截取单位收入不入帐，非法占有，使所占有的公款难以在单位财务帐目上反映出来，且没有归还行为的，应当以贪污罪定罪处罚。
（4）有证据证明行为人有能力归还所挪用的公款而拒不归还，并隐瞒挪用的公款去向的，应当以贪污罪定罪处罚。
两者在客观上都侵犯了公共财物的所有权；两者在客观上均是利用职务之便；主观上两者都是出于直接故意。但是，作为两种不同犯罪形式，两者又有如下区别：
（1）主观方面不同。前者只是暂时使用，后者具备非法占有的故意，并没有打算归还。
（2）构成犯罪的时限要求不同。前者挪用公款数额较大归个人进行非营利性的合法使用的，必须非法控制公款超过三个月未还才构成犯罪；而贪污罪只要非法占有了公物即构成犯罪。
（3）在特定情况下的法律后果不同。如挪用公款未超过一万元归个人进行非营利性的合法使用时，超过三个月后在案发前全部归还本息的，可不认为犯罪；而贪污行为一经实施，即使在案发前全部退赃也不影响其犯罪的构成。
（4）刑程度不同。后者要比前者处罚重。
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