（1）犯罪主体不同。本罪的主体，只能是司法工作人员，是特殊主体；而包庇罪是一般主体，即只要达到刑事责任年龄、具有刑事责任能力的人，都可以构成。
（2）犯罪手段不同。包庇罪通过作假证明、帮助毁灭罪迹、隐藏或毁灭罪证等手段，实现包庇行为，不要求利用职务之便进行包庇；而本罪的包庇手段，必须是利用职务之便，通过办案活动，实现包庇罪犯的目的。
（3）犯罪发生的时间不同。犯包庇罪的人实施包庇行为，可以在犯罪分子犯罪后的任何阶段实施，既可能在侦查、预审、起诉、审判阶段实施，也可能在判决之后实施；而犯徇私枉法罪的人的包庇行为，一般发生在判决之前。如果司法工作人员在判决生效之后，实施舞弊行为，放走罪犯，使其逃脱惩罚的，则构成私放在押人员罪，而不能以本罪论处。
（1）主体要件不同。本罪的主体只能是司法工作人员；而伪证罪的主体是在侦查、审判过程中出现的四种诉讼参与人，即证人、鉴定人、记录人和翻译人。
（2）客观要件不同。本罪在客观上须有利用职务上的便利，实施徇私、徇情枉法的行为；而伪证罪除鉴定人、翻译人、记录人具有一定的身份，并有可能利用职务之便作伪证外，证人只是具有证人的身份，了解案件情况的人，不要求身份条件和具有利用职务之便的行为。本罪的犯罪手段广泛，除在制造伪证、隐匿、销毁证明材料上与伪证罪相同外，还可以在起诉、审判过程中曲解或滥用法律条文，玩弄或违反诉讼程序，使无罪的人受追诉、使有罪的人不受追诉：而伪证罪的行为人只能在侦查、审判过程中作虚假证明、作不符合事实的记录、作违背事实的鉴定、作不符合原意的翻译。
（3）犯罪侵犯的客体不同。本罪侵犯的客体是司法机关的正常活动；而伪证罪侵犯的客体主要是公民的人身权利。
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