公司故意写低合同工资是不合法的。
实发工资与约定工资不符故意写低合同工资可以降低五险一金的缴纳比例，减少税务缴纳，面对裁员减薪时公司可能趁机压低工资，员工权利难以受到保障。
如果有发放记录等证据证明企业发放的工资与劳动合同的工资不一致，一旦发生纠纷，仲裁机构和法院会支持以实际工资为准。出现这种情况时，劳动者一定要留心保留领取工资数额时的证据。
劳动合同对劳动报酬标准约定不明确，引发争议的，用人单位与劳动者可以重新协商;协商不成的，适用集体合同规定;没有集体合同或者集体合同未规定劳动报酬的，实行同工同酬;没有集体合同或者集体合同未规定劳动条件等标准的，适用国家有关规定。
国家实行最低工资保障制度。最低工资的具体标准由省、自治区、直辖市人民政府规定，报国务院备案。
用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。
《劳动合同法》第三十条，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
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