软件著作权申请流程如下：
1、当事人向中国版权保护中心提交按要求填写的软件著作权登记申请表、软件的鉴别材料等文件；
2、国家版权中心依法进行六十天的审查；
3、对符合规定的，予以登记，发给相应的登记证书，并予以公告。
《计算机软件著作权登记办法》第九条，申请软件著作权登记的，应当向中国版权保护中心提交以下材料：
（一）按要求填写的软件著作权登记申请表；
（二）软件的鉴别材料；
（三）相关的证明文件。
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