签订合同主体一方是三个自然人可以分开起诉。如果因合同纠纷提起诉讼的，并且合同有多个当事人的，可以起诉全部或者部分当事人。但是如果对合同当事人分开起诉，审理时法院可以合并审理。
《中华人民共和国民事诉讼法》第五十五条当事人一方或者双方为二人以上，其诉讼标的是共同的，或者诉讼标的是同一种类、人民法院认为可以合并审理并经当事人同意的，为共同诉讼。共同诉讼的一方当事人对诉讼标的有共同权利义务的，其中一人的诉讼行为经其他共同诉讼人承认，对其他共同诉讼人发生效力；对诉讼标的没有共同权利义务的，其中一人的诉讼行为对其他共同诉讼人不发生效力。
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