公司章程不可以对抗善意的第三人。
公司章程是对公司内部行为规范的约定，公司股东和内部人员受其限制，但公司内部规定不得对抗善意第三人。根据《中华人民共和国公司法》的规定，设立公司必须依法制定公司章程。公司章程对公司、股东、董事、监事和高级管理人员具有约束力。善意第三人不属于上述人员。
《中华人民共和国公司法》第十一条，设立公司必须依法制定公司章程。公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。
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