免于刑事处罚会留案底，只要是已经构成了刑事犯罪的，都会留有案底。免于刑事处罚只是说被告人没有刑事处罚但并不代表被告人同样也免去了刑事责任，刑事责任包括赔偿受害人经济损失、赔礼道歉、予以行政处罚或行政处分等。
《刑法》第二十四条，对没有造成损害的中止犯，应当免予刑事处罚；法律规定可以免除刑罚的则可视案情具体情况选择决定是否免予刑事处罚。
《刑法》第三十七条，对于犯罪情节轻微不需要判处刑罚的，可以免予刑事处罚，但是可以根据案件的不同情况，予以训诫或者责令具结悔过、赔礼道歉、赔偿损失，或者由主管部门予以行政处罚或者行政处分。
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